游戏中虽然没有正面提及，不过在GBC的游戏说明书上我们可以知道，该作故事发生在"Outer Heaven蜂起"事件之后七年，也就是2002年。Solid Snake受命夺回被中非国家Gindra劫持的美军大型军用运输机，在这架飞机上载有核武器以及一部最新的Metal Gear。这部机体是根据"远离天堂"事件中摧毁的原机体开发的。Gindra解放组织的领袖Augustine Eguabon将军希望能够通过窃取"Metal Gear"而排除联合国维和部队对自己独立的干扰。空军三角洲部队被派往摧毁该组织，结果却全体失踪。已经在阿拉斯加休养多时的Snake本来不想再接受此任务，然而当Campbell透露说Gindra事实上就是七年前"远离天堂"所在地时，他立刻决定前往一探究竟。

这次的事件果然又有Fox Hound的腐败分子参与，这次是由一些特别探员组成的叫作"黑色密室"（Black Chamber）的团体。Snake 潜入了Galuade秘密基地，在这里他遇到了空军三角洲部队的幸存者Chris Jenner，并在她的帮助下找到了再次隐藏在地下一百层的Metal Gear。在行动过程中，Snake也获知了"远离天堂"的不少秘密和美国政府的一些黑幕。

    2000年这款在GBC上发行的游戏在情节方面甚至可以媲美PS版，小小的卡带里装下了波澜起伏的复杂故事，玩家在获知其中一些惊人的秘密之后震撼的感觉不次于PS中的最后一幕，情节发展方式的安排也十分合理。游戏性方面也相当优秀，大受好评的"VR训练模式"依然健在，比起PS上的原版在可玩性方面毫不逊色；以敲墙声吸引敌兵等颇具战略性的设定也在该作中有着重要地位；游戏中敌兵的AI甚至比PS版更高，例如在PS版中，一旦Snake被敌兵发现只有逃到另外一个房间就没事了，然而在该作中敌兵则会一直跟随着你，因此"秘密行动"的特点在该作中更加重要。除了PS中需要切换成主视点使用的导弹发射器在GBC上实在无法表现外，其它武器全部收录，对于一款掌机游戏玩家们还能再奢求些什么呢？总体而言该作可说是GBC晚年最值得一玩的游戏了。

    由于《合金装备：通天幽灵塔》整体上只能算一个外传，为了将其与MGS系列划清关系，游戏在日本发售时就定名为《Metal Gear Ghost Babel》。而在美国发售时，却改成了《Metal Gear Solid：Ghost Babel》，主要原因当然就是出于营销目的了。因为PS上MGS的轰动性效应，人们已经牢牢记住了"Metal Gear Solid"这个金字招牌，而如果以"Metal Gear"定名则容易使一些不大清楚系列历史的玩家们产生误解。