1999年世界上各个超级核大国为了改变相互间对立关系而改变了外交政策，纷纷答应削减他们的核武配置。 在即将到来的和平环境中，一个叫做桑给巴尔的中东小国却制定了他们的新军事制度，开始了袭击核武大国的布制。同时，世界由于原油供应的日见减少而陷入能源危机， 为了和这种危机斗争，Kio Marv博士发明了能精炼原油的微型装置。然而却在桑给巴尔岛附近被绑架。军国主义国家桑给巴尔岛已经建立了能够操纵世界能源和核武活力的军事网，现在只有全球顶尖特工才能混入这个国家。新Fox Hound指挥官Roy Campbell呼叫了已经隐退的Solid Snake，将这份异常艰巨的任务交给了他。Snake又一次单独行动，突破了桑给巴尔岛的防线。看来在FOXHOUND内部的变节者远不只BIG BOSS一人，在这一次的行动中，Snake发现Grey Fox──四年前第一个受命潜入"远离天堂"的特工竟然就是桑给巴尔岛雇佣兵军队的领导者。Snake在战斗中战胜了Grey Fox，并且取回了原油精炼装置。在执行任务途中，他惊讶的发现"远离天堂"的BIG BOSS竟然就是桑给巴尔帝国的创建者。当然，他带着新的"Metal Gear"而来，Snake再一次战胜了"Metal Gear"和BIG BOSS，然后在一片火光之中逃出了桑给巴尔岛。 历经艰辛的战斗，Snake打算前往阿拉斯加的荒原隐退，然而只要这些渴望权利的幕后邪恶势力还存在于世，Snake的隐退就注定只是短暂的一瞬……

    《合金装备2：Solid Snake》将前作中的主要游戏系统再度强化，由于在MSX2上发售，游戏在画面上比前作有所提高。往后系列中的标准配备"雷达地图"首次出现，为游戏平添了不小的战略性。游戏充满悬念的复杂的故事情节再度受到肯定，并成为系列的主要标志之一。可惜当时的MSX市场已经非常委缩，同时期的FC、MD和PC-E等主机给MSX造成了巨大的压力，另外1990年正值任天堂SFC发售之时，此时所有玩家们的目光都被这台新主机所吸引，而这款在MSX上推出的叫作《合金装备2》的游戏就这样成了游戏界中一个被忽略了的名作。MG2也成为KONAMI在MSX上推出的最后一款游戏。

    事实上小岛在制作了《合金装备》后并没有再继续续作制作的计划，《合金装备2》乃至往后轰动世界的MGS在某种程度上也得感谢一个失败的外传《合金装备：Snake复仇》。该作故事发生在MG之后MG2之前，一位叫作Higharolla Kockamamie的拥有庞大财富的恐怖分子掌握了大量的核武器，他有一个充满野心的计划--称霸世界。Snake怀疑此人是BIG BOSS的另一个化名，因为他一直相信"Outer Heaven蜂起"事件中BIG BOSS并没有死去。Kockamamie集结了庞大的军队保卫其隐藏核武的秘密基地"狂热堡垒"（Fortress Fanatic）现在Foxhound只有再次依靠Snake的力量了。Snake潜入了"狂热堡垒"，在里面赫然就有又一台的"metal gear"，然而BIG BOSS与本次的恐怖行动并没有任何联系。最后Snake又一次破坏了"matal gear"并向Foxhound提出提前退休。

    《Snake's Revenge》是由美国KONAMI针对美国市场推出的一款游戏，游戏与小岛秀夫毫无关系，仅是KONAMI另外一个开发小组的作品。也正是因为如此，《Snake复仇》完全失去了系列的精髓，这是一款类似《魂斗罗》那样的动作射击游戏，作为最大游戏性所在?quot;潜入"在该作中没有任何体现。情节上也没有任何可圈可点之处，并且与系列基本上没有关系。因此这样一款旁生枝节的游戏也没有得到小岛秀夫的承认，在往后的系列中根本没有提及该作中发生的事，就好像这款作品根本没有出现过一样。不过也正是由于这款续作的失败，一些小岛身边的朋友对小岛说希望能够再看到小岛的"真正的Metal Gea"。 小岛于是用了一晚的时间完成了新一集"Metal Gear"的计划书, 第二天便向上头递交了整个游戏的故事大纲。 可以说就是这样一款失败的游戏让小岛秀夫产生了将"合金装备"延续下去的念头，时至今日，当MGS成为业界明星之时，也有不少铁杆迷为了纪念该作的不凡意义而将其作为珍贵收藏呢！